#!/bin/bash
# 根据物种名和物种信息表将bed文件、蛋白序列文件(.prot.fasta)、CDS序列文件(.CDS.fasta)软连接到指定目录下
# 并且生成bed_fasta_data.csv和prot_bed_fasta_data.csv表，是需要入库的
# 运行search_species_file.py脚本，将20250814_cell_species.csv文件中所有物种（最后一列）在/data/genome/IMP中去查找上述三个文件是否都生成，如果都生成，则首先将其软链接到/home/huangyun/IMP/update/data目录下
# 同时按照入库需要的数据格式分别针对bed文件和蛋白序列文件生成prot_bed_fasta_data.csv，针对bed文件和CDS序列生成bed_fasta_data.csv

# 用到的路径都给参数传递
python search_species_file.py

# 将bed文件、蛋白序列文件、CDS序列文件、bed_fasta_data.csv、prot_bed_fasta_data.csv上传到服务器上

rsync -avzpL -e 'ssh -p 2222' /home/huangyun/IMP/update/data/*.bed admin@49.7.230.87:/var/www/html/SynColV/public/data/system/bed/
rsync -avzpL -e 'ssh -p 2222' /home/huangyun/IMP/update/data/*.CDS.fasta admin@49.7.230.87:/var/www/html/SynColV/public/data/system/CDS/
rsync -avzpL -e 'ssh -p 2222' /home/huangyun/IMP/update/data/*.prot.fasta admin@49.7.230.87:/var/www/html/SynColV/public/data/system/prot/
rsync -avzpL -e 'ssh -p 2222' /home/huangyun/IMP/update/data/bed_fasta_data.csv /home/huangyun/IMP/update/data/prot_bed_fasta_data.csv admin@49.7.230.87:/var/www/html/SynColV/public/data/system/

# 对于181个跑完分析的物种，将基因信息表、基因组统计信息表、最后生成的json文件都上传到服务器上
# 这里 16 和 17 都是直接在/home/huangyun/IMP/目录下？？？

rsync -avzpL -e 'ssh -p 2222' /home/huangyun/IMP/16.species_statistics/genome_statistic_info.csv admin@49.7.230.87:/var/www/html/SynColV/public/data/system/
rsync -avzpL -e 'ssh -p 2222' /home/huangyun/IMP/17.gene_info/gene_info.csv admin@49.7.230.87:/var/www/html/SynColV/public/data/system/
# species是181个物种名字
cat species | while read a;do 
	rsync -avzpL -e 'ssh -p 2222' /home/huangyun/IMP/18.production/${a} admin@49.7.230.87:/var/www/html/SynColV/public/data/species_summary/
done
